Espèce de conifère toujours vert de la famille des Cupressacées, originaire du Japon.

Le thuya du Japon est un arbre de taille moyenne, pouvant atteindre 20 à 35 m de haut, avec un tronc ayant jusqu’à 1 m de diamètre. Cependant, des spécimens plus anciens peuvent être beaucoup plus gros. C’est le cas du spécimen de Hirayu dans la préfecture de Gifu qui a plus de 1000 ans.

Le feuillage est constitué de rameaux aplatis, couverts de feuilles en forme d’écailles de 2 à 4 mm de long, vert mat au-dessus et portant d’étroites bandes blanches en dessous (formées par les stomates).

Les cônes femelles, ovoïdes, mesurent de 6 à 12 mm de long sur 4 à 5 mm de large. Ils sont constitués de 6 à 10 écailles imbriquées, de couleur jaune vert au début, virant au rouge brun à maturité.